Samostalna služba za unutarnju reviziju je samostalna ustrojstvena jedinica izravno odgovorna ravnatelju Centra, koja obavlja poslove unutarnje revizije u Centru i pravnim osobama iz nadležnosti, osim u onima u kojima je unutarnja revizija uspostavljena sukladno propisanim kriterijima za uspostavu unutarnje revizije. Daje stručna mišljenja i savjete u cilju poboljšanja poslovanja Centra i pravnih osoba iz nadležnosti, procjenjuje procese i sustav unutarnjih kontrola na temelju procjene rizika, provodi unutarnje revizije u skladu s Međunarodnim okvirom profesionalnog djelovanja te propisima kojima se uređuje unutarnja revizija u javnom sektoru Republike Hrvatske. Obavlja unutarnje revizije utvrđivanjem, testiranjem, analiziranjem, procjenjivanjem i dokumentiranjem podataka dovoljnih za davanje revizorskog mišljenja o adekvatnosti, učinkovitosti i djelotvornosti sustava unutarnjih kontrola, izrađuje strateške i godišnje planove revizije, prati provedbu preporuka navedenih u izvješćima iz prethodno obavljenih revizija te izvješćuje ravnatelja Centra o statusu provedbe preporuka radi poduzimanja potrebnih mjera, izrađuje pojedinačna, periodična i godišnja izvješća o radu unutarnje revizije, surađuje s ustrojstvenom jedinicom Ministarstva financija nadležnom za harmonizaciju aktivnosti razvoja sustava unutarnjih kontrola što uključuje i obvezu dostave strateških i godišnjih planova i drugih podataka u skladu s važećim propisima. Sastavlja Mišljenje unutarnje revizije o sustavu unutarnjih kontrola za područja koja su bila revidirana u prethodnoj godini u skladu s propisima koji uređuju podnošenje Izjave o fiskalnoj odgovornosti, prati i predlaže stalnu edukaciju unutarnjih revizora te prati provedbu naloga i preporuka Državnog ureda za reviziju. Koordinira aktivnosti u obavljanju samoprocjene sustava unutarnjih kontrola putem Izjave o fiskalnoj odgovornosti i vanjske procjene sustava unutarnjih kontrola i poslovanja Centra i pravnih osoba iz nadležnosti Centra u cilju osiguranja dobrog financijskog upravljanja, obavlja i druge poslove iz svog djelokruga po nalogu ravnatelja.
